Meskipun merupakan ide yang baik untuk makan buah dan sayuran segar sebanyak mungkin, orang juga harus mengingat dari mana buah dan sayuran itu berasal, dan apa yang mungkin bersentuhan dengannya. Banyak makanan membawa bakteri, jamur, dan bekas pestisida di kulitnya.
Menurut Divisi Pertanian dan Sumber Daya Alam Universitas California Davis, satu dari empat orang menderita penyakit bawaan makanan setiap tahun. Sebagian besar waktu, penyakit ini berasal dari sesuatu yang dibawa dari luar buah atau sayuran segar. Anak-anak sangat berisiko tinggi.
Tanaman buah dan sayuran dan pohon menarik berbagai hama yang berbeda selama pertumbuhannya, sehingga tukang kebun biasanya memperlakukan mereka dengan pestisida organik dan kimia. Bahan kimia tersebut menempel pada buah dan sayuran, dan dapat membuat sakit atau meracuni siapa pun yang memakannya.
Pilihan terbaik adalah membersihkan buah atau sayuran segar sebelum dikonsumsi. Meskipun banyak orang membersihkan makanan mereka dengan air mengalir, "Edisi Pagi" National Public Radio menyarankan bahwa memasukkan cuka atau jus lemon ke dalam air meningkatkan daya pembersihannya. Kisah, "Apa yang Dibutuhkan untuk Membersihkan Makanan Segar," yang disiarkan pada bulan September 2007, juga menyarankan penggunaan larutan pemutih dan air dari 1 sdt pemutih hingga 1 qt. air untuk membersihkan talenan dan counter setelah dimasak. University of California di Davis Extension memperingatkan juru masak untuk tidak menggunakan deterjen atau zat sintetis lainnya pada makanan itu sendiri.