Ontsmettingsmiddelen zijn chemische middelen die worden gebruikt om micro-organismen op voorwerpen of in vloeistoffen te doden. Dit wordt gedaan om het risico te verkleinen dat die micro-organismen mensen of andere levende wezens infecteren. Halogenen, een reeks niet-metalen elementen die dodelijk zijn voor levende organismen, worden vaak gebruikt in ontsmettingsmiddelen. De halogenen zijn fluor, chloor, broom, jodium en astatine. De hoeveelheid halogeen die in een desinfectiemiddel wordt gebruikt, is voldoende om micro-organismen te doden, maar niet genoeg om een significant risico te vormen voor grotere organismen.
Chloorbleekmiddel is een veelgebruikt desinfectiemiddel. Ongeveer 3 tot 6 procent natriumhypochloriet wordt toegevoegd als ontsmettingsmiddel om deze vorm van bleekmiddel te produceren. Het wordt gebruikt in een verscheidenheid aan industriële en consumententoepassingen. Consumenten gebruiken bleekmiddel het meest voor het wassen van kleding. Industriële toepassingen gebruiken het om materialen, zoals houtpulp, vet en bijenwas, te bleken om ze een lichtere kleur te geven. Niet alle bleekmiddelen zijn gebaseerd op chloor voor desinfectie. Oxide- en peroxidebleekmiddelen gebruiken niet-halogeenchemicaliën voor desinfectie.
Chloor is een veelgebruikt desinfectiemiddel voor waterzuivering. Het doel van chloor in het zuiveringsproces is het doden van pathogene micro-organismen in het water. Hiervoor kan zuiver chloor worden gebruikt, maar er worden ook chloorhoudende verbindingen gebruikt. Deze verbindingen zijn chlooramine, chloordioxide en natriumhypochloriet. Het proces waarbij chloor of chloorverbindingen als waterdesinfectiemiddel worden gebruikt, wordt chlorering genoemd.
Broom is een alternatief voor chloor voor de desinfectie van water. Het werd oorspronkelijk voor dit doel gebruikt toen chloor tijdens de Tweede Wereldoorlog schaars werd. Broom wordt vanwege zijn eigenschappen nog steeds gebruikt als waterontsmettingsmiddel. Broom wordt sneller opgenomen in water dan chloor. Het is ook gemakkelijker uit het water te verwijderen nadat de desinfectie is voltooid. Broom is corrosief voor metalen en vereist hogere concentraties dan chloor wanneer het als desinfectiemiddel wordt gebruikt.