Här är varför:
* "Vilken färg har ditt hår?" är grammatiskt felaktigt eftersom "hår" är ett singulärt substantiv, även när man hänvisar till flera trådar. Vi använder det singulära verbet "är" i det här fallet.
* "Vilket hår?" är för informell och kanske inte förstås tydligt. Det är bättre att använda en fullständig mening för tydlighet.
Därför är det bästa sättet att fråga om någons hårfärg "Vilken färg är ditt hår?"